An UC 0123. Trente ans se sont écoulés depuis l'ultime révolte de Char Aznable ( évènements de la première saga clause par le film Mobile Suit Gundam : Char contre-attaque) et la Terre connaît une période de paix et de prospérité sans précédent. La guerre paraît déjà lointaine et Neo Zeon n'est plus qu'un souvenir. Pourtant, cette quiétude ne durera pas longtemps... La puissante famille Ronah, à la tête de l'organisation militaire Crossbone Vanguard, s'empare des colonies spatiales Frontier Side et proclame son indépendance et la création d'une utopie politique : Cosmo-Babylone. Pour Seabook Arno et ses amis, c'est le début de l'horreur le jour où Crossbone Vanguard attaque leur colonie. Tandis que Seabook prend les commandes du prototype Gundam F91 pour protéger sa vie, sa petite amie Cecily Fairchild est kidnappée par Crossbone Vanguard...