L'histoire se déroule 6 ans après les événements de Digimon Adventure et 3 ans après ceux de Digimon Adventure 02 (les films étant également comptabilisés). Suite au combat contre Belial Vamdemon, le Digital World s'est refermé et les Elus ont repris leur vie dans le monde réel. Mais un jour, Kuwagamon apparaît subitement à Odaiba. Témoin de la scène, Taichi Yagami, désormais 17 ans, le prend en chasse, seul, mais il comprend bien vite qu'il est impuissant sans son partenaire. C'est alors qu'un miracle se produit.