La neuvième incarnation du Docteur rencontre Rose Tyler qui devient sa toute nouvelle compagne. Ensemble, ils explorent notamment l'an cinq milliards et le Londres du Blitz où ils rencontrent le Capitaine Jack Harkness. Cependant dans cette saison, l'élément commun à tous les épisodes est la présence du mot « Bad Wolf » (« Méchant loup »), dont la signification est expliquée dans les deux derniers épisodes.