Alors qu'Ezra est entre la vie et la mort dans un hôpital de New York, les filles découvrent enfin l'identité du fameux "A" et finissent par le vaincre d'une façon tragique qui changera la vie d'Aria. Soulagée et enfin libre, Alison revient à Rosewood avec les filles, pensant que toute cette histoire était enfin terminée et qu'elle n'aurait plus à craindre qui que ce soit. Mais elle s'était trompée et s'était réjouie bien trop vite. Son retour se transforme rapidement en cauchemar. Sa mère a disparu et son frère agit de manière très suspecte. Les filles regardent les informations où elles apprennent qui est la fille dans la tombe d'Alison, Bethany Young. Alors les cinq filles mènent leurs enquêtes. Dans le douzième épisode, Mona est assassinée dans sa propre maison par "A". Peu à peu, Spencer est accusée d'avoir assassiné Bethany. Alison se retrouve en prison après être arrêtée pour le meurtre de Mona et de Bethany mais les filles reçoivent encore des messages de "A", qui frappe encore malgré le fait qu'Alison, suspectée d'être "A" par ses amies, soit en prison. Les filles apprennent aussi qui a mis le feu à la maison de Toby. Hanna est arrêtée pour complicité dans le meurtre de Mona Vanderwaal : Tanner l'a suspecté lorsqu'elle l'a vu dans l'immeuble de l'appartement où il y avait le baril. Dans le dernier épisode de la série, "A" emprisonne Aria, Hanna, Emily et Spencer dans la Doll House, maison de poupées. Elles découvrent que pendant tout ce temps, Mona n'était pas morte. Elle était emprisonnée dans la maison jouant le rôle d'Alison.