Alors que Samantha « Sam » Groves alias « Root » a enlevé Finch, la machine continue quand même de donner à John des numéros mais celui-ci n'est concentré que sur une seule chose : retrouver son ami. Mais la « D.H.R. », le F.B.I. ou encore le gouvernement n'ont pas encore abdiqué à l'idée de retrouver celui qu'ils surnomment « l'homme au costume » ...