Olivia Dunham et son partenaire et amant John Scott enquête sur l'incident du vol 627. Olivia cherche à contacter Walter Bishop pour obtenir son aide afin d'avancer dans l'enquête. Elle va devoir convaincre son fils Peter Bishop, alors en Irak, de revenir avec elle aux États-Unis et d'accepter de l'aider... Le docteur William Bell et sa société Massive Dynamic se retrouvent étroitement liés à chaque événement décrit dans les différents épisodes…