Walter commence à se faire un nom dans le milieu de la drogue, sous le pseudonyme d'Heisenberg. La nouvelle double vie de Walter manque à maintes reprises d'être découverte par sa famille, à qui il a finalement avoué son cancer. Skyler, très inquiète, décide de reprendre son ancien travail de comptable, alors qu'elle est à huit mois de grossesse. Mais ses soupçons envers son mari sont de plus en plus insistants. Walt et Jesse décident de monter leur propre affaire de trafic de drogue. Hank est sur la trace de Heisenberg sans savoir qu'il s'agit de son beau frère Walter White. La confiance de Walter en Jesse s'effrite lorsque celui-ci commence à consommer de la drogue intempestivement. Peu après, le cancer de Walter est suffisamment freiné pour pouvoir être opéré. Sous l'effet de l'anesthésie, dans un lapsus, Walter révèle à sa femme qu'il a bien un secret.