Walter essaye de retrouver une certaine stabilité dans sa vie professionnelle, tandis que Jesse va plus mal que jamais, étant proche d'un état dépressif. Mais grâce au deuxième travail qu'il effectue avec Mike, il retrouve alors un peu d'équilibre, et est habilité à protéger Gus lors de son attentat contre le cartel. De son côté, Gus négocie avec le cartel la libération de ses obligations, après avoir éliminé ses concurrents et part en croisade contre eux. Gus décide de les empoisonner mais, forcé d’ingérer le poison, il n'en sort pas indemne. Mike, quant à lui, est touché par une balle. Gus repart avec Jesse aux États-Unis, laissant Mike au Mexique pour qu'il se rétablisse de sa blessure. Puis, Gus menace Walter de tuer sa femme, son fils et son nourrisson s'il essaye de sauver son beau-frère Hank, sur la piste de Gus. Face à cette situation, Walter décide de « disparaître » grâce à l'aide de Saul Goodman, en utilisant l'argent gagné, mais Skyler a donné la somme nécessaire à Ted Beneke pour rembourser le fisc. Prévenus de la menace contre Hank, les proches de Walter se réunissent dans la maison de Hank et Marie, sous la surveillance de la DEA. Suite au curieux empoisonnement de l'enfant de l'amie de Jesse, celui-ci décide de s'allier une bonne fois pour toutes avec Walter pour tuer Gus, dont la pression et les coups bas pèsent trop sur les deux partenaires.