Le Sort Noir est brisé et les souvenirs restaurés, désormais des étrangers arrivent à introduire Storybrooke dont les habitants restent piégés sous risque d'une amnésie définitive. Durant « l'opération Scorpion », le groupe se retrouve dispersé entre le Monde des Limbes et la Forêt enchantée où Emma Swan, toujours shérif depuis la mort de Graham, affronte un ogre et escalade un haricot magique qui la mène au palais céleste du géant Anton, où réside la dépouille de Jacqueline, dit Jack. Le groupe s'oppose alors à la mère de Regina, Cora / la Reine de Cœur du Pays des Merveilles, et à Killian Jones / Capitaine Crochet. Ils croisent aussi la route de Mulan, Aurore / la Belle au bois dormant, le prince Phillip / le Yaoguai, Lancelot, Keith / le shérif de Nottingham, William Smee / M. Mouche et les mystérieux Greg et Tamara. À Storybrooke, Regina tente de ressusciter son fiancé Daniel grâce au Dr Whale / Victor Frankenstein et de récupérer Henry, qui subit les conséquences du Charme du Sommeil. Elle n'est pas la seule à s'interroger sur sa condition familiale : David fait face à Spencer, Mary Margaret affronte l'assassin de sa mère (la reine Eva), Jefferson retrouve sa fille, Ruby s'adapte à ses origines de loup-garou et Gold / Rumpelstilskin / la Bête / le Crocodile, qui vit des retrouvailles mitigées avec Belle French / Lacey et fait face à une prophétie appréhendant sa perte, poursuit la quête de son fils, Baelfire, aux côtés d'Emma et Henry. Cette recherche mène le trio à New York sur les traces d'une connaissance d'Emma : Neal Cassidy, l'intriguant père d'Henry. Durant « l'opération Mante Religieuse », une organisation secrète menace de détruire Storybrooke.